隨著高通量技術(shù)的發(fā)展，我們對微生物的認(rèn)識逐步深入，微生物在臨床以及科研上的應(yīng)用越來越多，而微生物采樣的正確與否直接關(guān)系到微生物數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性。
因此，微生物的采樣方法就顯得格外重要。
首先，我們需要在取樣的過程中，注意以下幾個(gè)方面：
(1) 所有實(shí)驗(yàn)用到的取樣用具必須是經(jīng)過滅菌的（如樣品袋、取樣器、采血管、試管、鏟子、匙、刀類工具等）。
(2) 收集樣品信息，取樣前或取樣后應(yīng)在盛裝樣品的容器或樣品袋上立即貼上標(biāo)簽，每件樣品必須標(biāo)記清楚（例如品名、來源、數(shù)量、取樣地點(diǎn)、取樣人及取樣日期等）。
(3) 請盡量將樣本分裝 3-5 份備份；建議每組取 6 個(gè)及以上重復(fù)較為合適，至少 3 個(gè)重復(fù)。
(4) 用到谷禾取樣管的實(shí)驗(yàn)樣品，可以常溫運(yùn)輸；如果不用取樣管，則必須低溫-80℃保存，保存期間切忌反復(fù)凍融；低溫寄送時(shí)請將樣品置于泡沫箱中，用干冰寄送。
然而樣品種類繁多，不同的樣品取樣有不同的方案，下面詳細(xì)介紹每類樣品對應(yīng)的取樣方案。
環(huán)境微生物
普通土壤
(1)去除表面浮土、凋落物等，根據(jù)土壤情況，選擇是否過2mm篩網(wǎng)，每個(gè)樣品從3個(gè)及以上采樣點(diǎn)采集并混合而成，建議將樣本分裝 3-5 份備份；
注：采樣時(shí)需注意每個(gè)采樣點(diǎn)的取土深度及采樣量應(yīng)均勻一致，土樣上層與下層的比例要相同。
(2)保存于無菌離心管中，置于泡沫箱（冰袋或干冰）中，0°C以下運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室；
(3)如果條件不允許立即提DNA，可將樣品置于-80°C冰箱中保存，并通過干冰寄送至公司后提取樣品總 DNA。
根際土壤
根際，是指受植物根系活動(dòng)影響，在物理、化學(xué)和生物學(xué)性質(zhì)上不同于土體的那部分微域環(huán)境。部分研究是針對土壤微生物與植物之間的相互關(guān)系，因此需要對根際土進(jìn)行取樣。
(1) 采集植株，去除根周較松散的土，仍附著在根系表面的視為根際土。將植物置于裝有冰袋或干冰的保溫箱中，避光條件，0℃以下運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室；
(2)準(zhǔn)備無菌容器，將植物根系部分置于緩沖液（PBS或生理鹽水）中震蕩，震蕩時(shí)間和強(qiáng)度依據(jù)樣本實(shí)際情況調(diào)整，洗下根際土；
(3)將洗滌液進(jìn)行高速離心，收集土壤沉淀，若沉淀較少，也可過濾膜，同一樣方取樣的樣本進(jìn)行多點(diǎn)等量混合；
(4) 將樣本分裝至離心管中，密封，標(biāo)記樣本信息后液氮速凍，置于-80℃冰箱保存，干冰寄送。
水體沉積物、底泥
采集水底沉積物5~10 g（具體深度依據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康拇_定），保存于凍存管中，標(biāo)記好樣本信息后液氮速凍或置于裝有干冰的泡沫盒中，黑暗環(huán)境下，盡快運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室，-80℃冰箱保存，干冰寄送。
活性污泥
多點(diǎn)取樣并等量均勻混合至約10 ml的懸浮污泥樣本（5~10 g沉降物），保存至凍存管中，標(biāo)記好樣本信息后液氮速凍或置于裝有干冰的泡沫盒中，黑暗環(huán)境下，盡快運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室，-80℃冰箱保存，干冰寄送。
水體
(1) 采集水樣應(yīng)注意無菌操作，以防止雜菌混入。
(2) 根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)置，選取適當(dāng)孔徑的濾膜，使用水體抽濾機(jī)抽濾 1~100 L 水體（不同水質(zhì)間差異極大），或抽濾至濾膜上可見明顯覆蓋物。
對于渾濁水體，建議過濾前靜置分離懸浮顆粒物，先用大孔徑濾膜過濾一遍，再用小孔徑濾膜過濾。
(3) 標(biāo)記好樣本信息后液氮速凍或置于裝有干冰的泡沫盒中，黑暗環(huán)境下，盡快運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室，-80℃冰箱保存，干冰寄送。
注：根據(jù)水體中微生物含量不同，取樣量有所不同：污水等菌群豐富的水體用量一般為200-1000 ml，湖泊、河流等自然水體一般為 1-2 L，自來水等菌群含量較低的水體則一般為 1-5 L，海洋水體隨著地理位置、季節(jié)和取樣深度浮動(dòng)較大。
食品
包裝食品
盡可能取原包裝，檢驗(yàn)前不要開封，以防污染。
大塊冷凍食品，應(yīng)從幾個(gè)不同部位用滅菌工具取樣，使樣品具有充分的代表性；
在將樣品送達(dá)實(shí)驗(yàn)室前，要始終保持樣品處于冷凍狀態(tài)。樣品一旦融化，不能再凍，保持冷卻即可。
液體食品
通常情況下，液態(tài)食品較容易獲得代表性樣品。
盛放在大罐中的液態(tài)食品（如牛奶、奶昔、飲料等），取樣時(shí)可連續(xù)或間歇攪拌；
盛放在小容器的液態(tài)食品，可在取樣前將液體上下顛倒，使其*混勻。較大的樣品要放在已滅菌的容器中送往實(shí)驗(yàn)室。實(shí)驗(yàn)室在取樣檢測之前應(yīng)將液體再*混勻一次。
對于牛奶、葡萄酒、植物油等，常采用虹吸法（或用長形吸管）按不同深度分層取樣，并混勻。如樣品粘稠或含有固體懸浮物或不均勻液體應(yīng)充分?jǐn)噭蚝螅娇扇印?/p>
半固體食品
用無菌操作開啟包裝，此類樣品無法用吸管吸取，可用無菌勺子從不同部位挖取樣品，放入無菌盛樣容器。若樣品是粉末，應(yīng)邊取邊混合。
固體食品
面粉或奶粉等易于混勻的食品，其成品質(zhì)量均勻、穩(wěn)定，可以抽取小樣品（如100g）檢測。但散裝樣品必須從多個(gè)點(diǎn)取大樣，且每個(gè)樣品都要單獨(dú)處理，在檢測前要*混勻，并從中取一份樣品進(jìn)行檢測。
肉類、魚類或類似的食品既要在表皮取樣又要在深層取樣。深層取樣時(shí)要小心不要被表面污染，同時(shí)避免使之暴露在空氣當(dāng)中。
有些食品，如鮮肉或熟肉可用滅菌的解剖刀和鉗子取樣；冷凍食品可在未解凍的狀態(tài)下可用鋸子、木鉆或電鉆（一般斜角鉆入）等獲取深層樣品；全蛋粉等粉末狀樣品取樣時(shí)，可用滅菌的取樣器斜角插入箱底，樣品填滿取樣器后提出箱外，再用滅菌小勺從上、中、下部位取樣。
注：
· 注意不要使固體樣品過度潮濕，以防食品中固有的細(xì)菌滋生。
· 食品如為非冷藏易腐食品，應(yīng)迅速將所取樣品冷卻至0℃~4℃；若樣品是冷凍的，應(yīng)保持冷凍狀態(tài)，低溫寄送。
植物內(nèi)生菌
植物內(nèi)生細(xì)菌是植物微生態(tài)系統(tǒng)中的重要組成部分，直接對植物組織樣本進(jìn)行測序分析，可以研究植物內(nèi)生細(xì)菌或真菌的多樣性。
(1) 根據(jù)研究對象選取新鮮植物組織（如果是植物根部，需去除根表粘附土壤）；0℃以下運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室；
(2) 根據(jù)組織大小剪成小塊或小段（至少兩邊不超過0.5cm），在無菌工作臺(tái)內(nèi)，用無菌水對植物組織進(jìn)行洗滌30s；
(3) 表面無菌化處理：
第一次消毒：75%無水乙醇浸泡1min；第二次消毒：2%次氯酸鈉處理3min，轉(zhuǎn)入75%無水乙醇浸泡30s，接著用無菌水漂洗3次；
(4) 進(jìn)行核酸提取實(shí)驗(yàn)或液氮速凍，放置-80℃冰箱保存。干冰寄送。
動(dòng)物腸道內(nèi)容物
(1) 用無菌手術(shù)刀挖取（或無菌鑷子擠出，也可用無菌生理鹽水沖洗出）腸道內(nèi)容物；
(2) 直接用谷禾取樣盒里的棉簽沾取約黃豆大小的腸道內(nèi)容物，將沾取內(nèi)容物的棉簽浸入取樣管液體攪拌洗脫內(nèi)容物進(jìn)入取樣管保存液內(nèi)；攪拌約30-40s，然后丟掉棉簽，將管子蓋子擰好，快速搖晃取樣管至少30秒；
(3) 觀察到管內(nèi)液體帶有明顯腸道內(nèi)容物顏色即取樣成功，常溫寄送。
人和其它動(dòng)物糞便
(1) 使用前請洗凈雙手，防止雜菌干擾。將取樣管取出，擰開蓋子。
(2) 用取樣棉簽沾取少量新鮮糞便(需要量為黃豆一綠豆大小)；如糞便較干，可先將棉簽在取樣管中浸濕后沾取；
(3) 將沾取糞便的棉簽浸入取樣管液體攪拌洗脫糞便進(jìn)入取樣管保存液內(nèi)，攪拌約30-40s，然后丟掉棉拭子，將管子蓋子擰好，快速搖晃取樣管至少30秒；
(4) 觀察到管內(nèi)液體帶有明顯糞便顏色即取樣成功，常溫寄送。
注：
· 如3天內(nèi)使用過抗生素類、質(zhì)子泵類胃藥、阿片類精神藥物請停藥3天后再檢測。
· 感冒、腹瀉或其他癥狀期間不影響取樣,拉稀或稀便可以用棉簽反復(fù)沾取糞便至取樣管。
· 如長期便秘?zé)o排便可使用開塞露等輔助手段獲取糞便樣本。
·取樣無時(shí)間和飲食限制,但是取樣前-好正常飲食。
· 完成取樣后樣本可常溫有效存儲(chǔ)一周,為保證檢測時(shí)效請完成取樣后盡快送回。
